紫雲寺位於高雄市鳥松區澄清湖畔，1960年由開山住持演禪長老尼購地草創。
民國43年(1954)，志心法師（即演禪長老尼）於高雄縣鳥松鄉大貝湖畔築茅而居，發願創建紫雲寺。經過6年辛苦籌建，民國49年(1960)購得大埤路19號現址土地，歷經2年建築，完成大雄寶殿與功德堂，以屏東東山寺之山名紫雲山取名紫雲寺，由於志心法師為天臺宗高僧斌宗法師的弟子，因而冠上南天台宗派命名為南天台紫雲寺。
民國55年南天台紫雲寺正式成立信徒大會，常住眾12人推選志心法師擔任首任住持。志心法師於住持任內力邀高僧大德定期講經說法，接引無數眾生接近佛法，寺務日漸興隆，禮佛參拜者與日俱增。
民國67年(1978)志心法師自號演禪，民國79年(1990)修建大雄寶殿，將大殿增高並改向，工程於民國85年(1996)完竣。

繼往開來—法鼓山紫雲寺
演禪法師有感於無常迅速，念及自身與淨圓法師皆已高齡，故積極尋覓有道高僧，期能永續法務，弘揚正法。
民國92年(2003)3月1日舉行落成啟用、佛像開光祈福法會與新舊任住持暨管理人交接典禮。第2任住持淨圓法師移交印信，由聖嚴法師正式接任第3任住持，期許將南天台紫雲寺發展為南台灣心靈環保重鎮，發揮淨化人心、淨化社會的功能，引導社會大眾一起建設人間淨土。淨圓法師並依止聖嚴法師為弟子，法名果淨。民國92年(2003)6月5日演禪法師安詳捨報圓寂。
民國98年(2009)2月3日聖嚴法師因病圓寂，由法鼓山第2任方丈和尚果東法師接任第4任住持。民國107年(2018)9月2日果東法師卸任法鼓山第5任方丈和尚，由第6任方丈和尚果暉法師接任第5任住持。
民國110年(2021)，由於信眾禪修需求日增，紫雲寺於原本的建築物後方增建新禪堂，此次擴建更增加住宿空間，望成為法鼓山南臺灣精進禪修的新據點，於2024年試營運。
民國114年(2025)11月8日觀音菩薩成道日落成啟用。

大事紀要

1954 志心法師（演禪法師）發願創建紫雲寺。
1960 志心法師購得大埤路19號現址土地。
1962 完成興建大雄寶殿與功德堂。
1966 正式成立信徒大會，推選志心法師擔任首任住持。
1978 志心法師自號演禪。
1990 修建大雄寶殿，1996年竣工。
1996 演禪法師卸任住持，由淨圓法師接任第二任住持。
1999 募款購地籌建新大殿。
2001 法鼓山接續法務，聖嚴法師接任第三任住持。
2003 3月1日舉行新大殿落成啟用、佛像開光祈福法會與新舊任住持暨管理人交接典禮。
2003 6月5日演禪法師捨報。
2009 2月1日聖嚴師父圓寂，由法鼓山方丈和尚果東法師接任紫雲寺第四任住持。
2018 法鼓山第六任方丈和尚果暉法師接任紫雲寺第五任住持。
2023 3月31日新建禪堂上樑安寶。
2024 新建禪堂竣工試營運，舊大樓改裝。
2026 禪堂暨綜合大樓啟用。